Baphomet tauchte erstmals zur Zeit der Templerprozesse Anfang des 14. Jahrhunderts auf. Dem Kreuzritterorden wurden Sodomie, Ketzerei und Götzendienst vorgeworfen und jener Götze soll Baphomet gewesen sein. Allerdings erscheint er nur in wenigen Protokollen, die zumal unter Folter erzwungen wurden, wobei sich die Aussagen über das Aussehen des Götzen stark unterscheiden.
Ein Gesicht bekam der Götze erst im 19. Jahrhundert durch den französischen Okkultisten Eliphas Levi. Dieser stellte ihn als ziegenköpfigen, geflügelten Dämon dar, der eine perfekte Einheit von Gegensätzen war. Noch heute ist diese Darstellung hauptsächlich bei Satanisten beliebt. So findet sie auch Verwendung in der "Satanischen Bibel" Anton Szandor LaVeys, des Gründers der amerikanischen Church Of Satan.
Miuras Anführer der Sekte in Albion gleicht Baphomet, nachdem ihn das Ei der Vollkommenen Welt zu einem Apostel gemacht hatte. Noch ähnlicher ist sogar der Götze, um den die Frau des Grafen und ihr Gefolge ihre Orgien feierten.